药王庙主体建筑的正中心是药王墓亭。原墓亭建于明永乐年间(公元1403-1424),高6.3米,墓为亭式,为琉璃歇山顶,飞檐斗拱,金碧辉煌。檐下有珍禽异兽及戏曲人物,雕工画技精熟。墓亭内树穿龙透花枣木碑,上刻“敕封明灵昭惠显佑王之墓”十一个大字。据传此木碑为药王自缢之枣树雕成。